Sequencing Specialist/シークエンシングスペシャリスト

The OIST Core Facilities contribute to research and education by providing excellent common research facilities and research support services for the researchers and students at OIST.  

The Sequencing Section (SQC) within the Core Facilities provides sequencing services using high-throughput sequencers, also known as next-generation sequencers (NGS) and single molecule sequencers, in multiple applications. The samples are not only from model organisms but also from a wide range of non-model organisms, from wildlife species to bacteria. Currently, the section has the following high-throughput sequencers: Illumina NovaSeq X Plus, Illumina NextSeq1000, Illumina MiSeq, Illumina iSeq, PacBio Revio, Oxford Nanopore MinION, and Oxford Nanopore PromethION. In addition to DNA/RNA sequencing, we are planning to introduce the latest multi-omics analysis technologies such as spatial biology and proteomics, aiming to build a more comprehensive research support system. The section owns also manages capillary sequencers, real-time PCR, pulsed-field gel electrophoresis system, automatic DNA/RNA extraction system, automated electrophoresis system etc., for common use.

The OIST Sequencing Section seeks a highly motivated and team-oriented technical staff to expand the university's sequencing capability. The principal responsibility of the positions will be to support OIST researchers with sequencing needs by providing consultation on research projects and experimental protocols, accepting DNA, RNA, and various tissue samples, preparing libraries, operating the latest sequencers, performing quality checks on sequencing data, and submitting the data to requesters. Additionally, the position requires staying current with the latest trends in multi-omics technologies to enhance our research support capabilities. Experienced Specialists will also be required to assist in the overall management of the Section., including the implementation and operation of automation systems for handling multiple samples and streamlining processes from service consultation to payment processing. In addition to the sequencing services, responsibilities include troubleshooting common equipment managed by the Sequencing Section and responding to users and vendors.

In addition to internal use, OIST core facilities plan to start offering access to shared equipment for external use by research and educational institutions, private companies in Okinawa Prefecture, as well as domestic and international collaborating universities starting from the fiscal year 2024. This initiative aims to enhance the research and development environment in Okinawa and across Japan, contributing to the advancement of science and technology.

Responsibilities

1. Support OIST researchers in sequencing to include:
   • Provide consultation to researchers on experimental protocols and sequencing strategies based on their research purposes
   • Accept and prepare DNA, RNA and various tissue samples for sequencing library
   • Operate the latest DNA sequencers and submit collected data to researchers
   • Commit to troubleshooting and resolving technical issues related to sequencing experiments
2. Collect and share the latest IT and sequencing trends with section members to improve the Section’s service quality.
3. Carry out routine cleaning and maintenance of sequencers and tools within the sequencing facility.
4. Other related duties as assigned by the Sequencing Section Leader.
5. Standardization of the existing experimental protocols.
6. Networking with external specialists for improvement and enhancement of the Section’s operations.
7. Spearhead a selection of new equipment and reagents.
8. For experienced Specialist, improvement of existing work processes and proposals, development, and implementation of new operating workflows.
9. For experienced Specialist, new business and technology development.

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OISTコアファシリティは、OISTの研究者・学生に対して、共通研究機器施設を活用した優れた研究支援サービスを提供することにより、研究・教育に貢献しています。
OISTコアファシリティの技術セクションの1つであるシークエンシングセクション(SQC)は、様々なテクノロジーを提供することで、生命科学の進歩を推進する研究をサポートしています。提供するサービスには、ハイスループットシークエンサーを活用した幅広いアプリケーションが含まれています。解析対象となるサンプルは、モデル生物だけでなく、野生生物種から細菌まで、幅広い非モデル生物も含まれています。現在、当セクションではIllumina NovaSeq X Plus、Illumina NextSeq1000､Illumina MiSeq、Illumina iSeq、PacBio Revio、Oxford Nanopore MinION、およびOxford Nanopore PromethIONを管理、運用しています。今後は、DNA/RNAシーケンシングに加え、最新のマルチオミックス解析技術 (spatial biology, proteomics) の導入も計画しており、より包括的な研究支援体制の構築を目指しています。上記サービス以外に、キャピラリーシークエンサー、リアルタイムPCR、パルスフィールド電気泳動、自動核酸抽出機、自動電気泳動システムなどの共通機器も管理しています。

OISTシークエンシングセクションでは、学内のシークエンスサービスを向上させるため、意欲的でチームワークを重視するテクニカルスタッフを募集します。本ポジションの主な業務は、研究プロジェクトや実験プロトコルに関するコンサルティング、DNA、RNA、各種組織サンプルの受け入れ、ライブラリの作製、最新シークエンサーの操作、シークエンスデータの品質チェックおよびデータの依頼者への提出などを行います。また、最新のマルチオミクス技術トレンドをいち早く把握し、研究サポートに活かすことも重要な責務となります。経験豊富なスペシャリストは、コンサルテーションを含むサービスの受付から支払いまでの処理の自動化や、多サンプル処理のための実験自動化システムの構築・運用など、セクション全体の運営をサポートすることも求められます。シークエンシングセクションが管理する共通機器のトラブルシュートやユーザー、ベンダー対応も責務に含まれます。

OISTコアファシリティでは､共通機器の学内での利用に留まらず、沖縄県内の研究教育機関や民間企業、国内外連携大学等の利用も想定し、共通機器の学外利用を2024年度から開始しました。これにより沖縄や国内の研究・開発環境をより充実させ科学技術の発展につながることを目指しています。

職責

1. シークエンシングに関する、OIST研究者への以下のサポート：
   • 研究目的に沿ったシーケンシングストラテジーに関するコンサルテーション
   • ライブラリ作製に使用するDNA、RNA、各種組織サンプルの受け入れおよび準備
   • 最新のシーケンサーを操作、研究者への配列データの提出
   • シーケンス実験に関連する技術的な問題のトラブルシューティングと解決に積極的に取り組む
2. セクションのサービスの質の向上に必要なITおよびシークエンシングに関する情報収集とメンバーとの共有
3. セクションが管理するシークエンサーや各種機器の日常的なメンテナンス
4. セクションリーダーからの指示によるその他の業務
5. 既存実験プロトコルの標準化
6. セクションの業務改善・強化に資する人的ネットワークの構築
7. 機器と試薬の購入提案と選定
8. 経験豊富なスペシャリストの場合、既存の業務プロセスの改善や提案、新しい業務フローの開発、導入
9. 経験豊富なスペシャリストの場合、新規事業や技術開発

(Required)

1. A master's degree or equivalent in a scientific or technical field.
2. Experience with scientific research is required.
3. Understanding the principles of molecular biology.
4. Ability to think logically and work systematically and accurately.
5. Ability to effectively communicate and provide customer-oriented service to researchers in both Japanese and English with written and spoken.
6. Must be fair, sincere, and honest, with a strong commitment to teamwork and the ability to mentor and coach less experienced colleagues.
7. Ability to judge priorities and run multiple tasks and projects in parallel under minimum supervision by the section leader.

(Preferred)

1. Experience in automating experiments or improving operational efficiency using strong IT skills.
2. Experience working for a related company.

A minimum of 3 years of experience in using the latest sequencing technologies either as a researcher, technical staff or research support staff.

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（必須）

1. 科学または技術分野における修士号以上、またはそれに相当する職歴を有すること
2. 科学研究の経験を有すること
3. 分子生物学の原理を理解していること
4. 論理的思考力、体系的かつ正確に作業を行う能力がある。
5. 日本語あるいは英語でコミュニケーションが取れ、研究者に顧客志向のサービスを提供する能力があること
6. 公正、誠実、正直で、チームワークへの強いコミットメントと、経験の少ないメンバーのメンターシップやコーチングができること
7. 優先順位を判断する能力を備え、セクションリーダーからの最小限の指示で、複数のタスクやプロジェクトを実施できる能力を有すること

（尚可）

1. 高いITスキルを活かして実験の自動化や業務効率化をおこなった経験があること
2. 関連企業での就業経験があること
3. 研究者、技術スタッフ、研究サポートスタッフのいずれかとして最新シークエンシング技術の利用歴が最低3年以上あること